Ромашка, в предложенном тобой проекте всё нормально. Слои добавляются, переименовываются, читаются. Делай дальше по шагам и смотри при каком случае происходит исчезновения имён слоёв. У меня подозрение, что имена слоёв не исчезают, а нарушается их кодировка. Как только это произойдёт (я думаю на 99% это будет у имён всех слоёв сразу), пришли проект и желательно с заметкой, после какой операции это произошло. Напоминаю, что любое выполненное действие ты можешь отменить, например из панели History или Ctrl+Z.